一、分区容量
fat32能够有效管理小硬盘容量上的数据，即硬盘分区不能大于2GB。反观ntfs，它能够支持2TB的大硬盘，并且随着磁盘容量的增大，NTFS的性能不像fat32那样随之降低。
二、单个文件容量
很多人不喜欢用fat32的其中一个原因就是支持单个文件容量太小。在实际操作中，fat32不支持单个文件大于4GB，如果超过了容量的限制，那么系统会提示磁盘空间不足。
但是使用ntfs则没有这样的困扰，在单个文件容量方面并没有太多的限制，属于想分多大就分多大，完全取决于硬盘空间容量有多少。
三、使用功能
fat32推出的较早，所以在使用功能上并没有那么完善。相比之下，ntfs功能丰富，像是文件索引、加密操作、压缩分区等，我们都可以通过ntfs实现。
四、闪存性能
虽然ntfs是目前非常流行的一种磁盘文件系统格式，但是它也有个弊端。因为它所采用的分区形式属于“日志式”，在进行读写操作的时候会对u盘这样的闪存介质有一定的影响，从而降低u盘的使用寿命。所以从闪存性能的角度而言，fat32要优于ntfs。
五、安全性能
对于fat32来说，它不能设置权限，所以安全性能相对较差。反观ntfs，我们可以对文件进行安全设置。比如说，将文件进行修改、加密、读取目录和设置权限等。对于很多用户们来说，在安全性能方面，他们更青睐于ntfs。