沉默的真相改编自小说《长夜难明》。从这部剧的名字，也可以得到关于这部剧的故事一些信息。该剧的核心就是真相、腐败、正义。权钱交易、公安系统的腐败，真相被刻意的掩盖；多个家庭的悲剧。该剧同时叙述着三个故事，也算是一个创新的看点；三个故事相互穿插、联系紧密。这部剧绝对算是高质量，并且反应了一些社会现实，揭露了人性的阴暗和对信念的坚持，绝对值得一看。
按照三个故事发生的时间顺序。
第一个故事，侯贵平下乡支教，发生于2000年。他察觉出有人在给一些官员提供未成年的女学生，而他的一个女学生因此死亡了。于是他决定将这件事捅出来，他用照相机拍了公安刑警队长和本地有名商人在一家酒店的照片；就因为这些照片他被人陷害强奸妇女，并且被杀害，还被伪造成是惊慌失措溺水身亡。
第二个故事和侯贵平的同学江阳及侯贵平的前女友李静有关。在2003年，李静找来江阳，告知江阳这个案子是一个冤假错案，希望身为检察官的江阳协助调查。在江阳调查的过程中，他逐步发现了事情的真相，并认识了法医陈明章和警察朱伟。但他们的证据一次次被销毁，有人极力的阻止他们查案时。过程中，江阳失去了曾经谈婚论嫁的女友；几年后与他人结婚，可妻儿一次次被人要挟，自己也因此被诬陷受贿，失去了检察官职位。朱伟为了拿到证据，和腐败的上司起了冲突，直接被停职学习三年。江阳在不断的抑郁中，也患上了肺癌。于是他们想通过制造出一个重大的新闻，来博得社会的关注引起高层对于案件的重视，逐步引导他们得知这其中的真相。
江阳负责死。陈明章负责江阳的死亡装置。张超负责江阳死亡后运尸并且让世人以为自己是凶手。朱伟负责制造爆炸引起注意。
第三个故事是在2010年，也就是本剧的第一幕。张超带着江阳的尸体去了地铁站，谎称自己在行李箱装了炸弹，引起全社会的关注。后来承认自己杀死了江阳，但在庭审时翻供，后引导警方一步步查案。本剧的主角严良一开始就感觉到了案件的复杂性，他只是观察者案件的一步步的发展。
在最后一场戏里，陈明章将遥控器给了严良，而这个遥控器是严良给陈明章的。故事在这一幕戛然而止，控器意味着江阳的死亡真相。这一幕意味着，严良很早就知道了这群人想要干什么，他掌握了真相。但他选择了不说。因为他知道，如果过早说破，整个案件可能会就此被压下来，达不到预期效果。某种意义上，这是严良与他们共同完成的一场盛大表演。严良选择了与他们一起承担。
从故事情节上来说，它像好莱坞电影《大卫戈尔的一生》。很多人看完这部剧非常的感动，其实源于它反应了很多现实；对于剧中人物的遭遇有感同身受。现实中，前几年一些冤家错案被不断的平反，一些案件的细节正是公安和司法系统的腐败带来了，这好比污染了社会公平正义的水源，产生了极大的社会影响力。这部剧在给我们震撼的同时，也带给整个社会深深的思考。